Коллектив Авторов - Цифровой журнал «Компьютерра» № 88

• Название: Цифровой журнал «Компьютерра» № 88
• Автор: Коллектив Авторов
• Жанр: Прочая околокомпьтерная литература

ОглавлениеСтатьи

OpenPilot: беспилотники по-опенсорсному (часть 2) Автор: Опубликовано 28 сентября 2011 года

Информатизация полетов: способна ли автоматика спасти от человеческих ошибок Автор: Виктор Ивановский

Мнения

RMA: выйдет ли музыкальная отрасль из тупика? Автор: Юрий Ильин

Интервью

Денис Алексеев о трёхмерной печати в домашних условиях Автор: Андрей Письменный

Поль Люсье о российской стратегии RIM Автор: Ирина Матюшонок

Алексей Новодворский («АЛЬТ Линукс») о НПП Автор: Евгений Крестников

Терралаб

Осенний IDF 2011: ультрабуки и Ivy Bridge Автор: Олег Нечай

Колумнисты

Василий Щепетнёв: За лёгким хлебом Автор: Василий Щепетнев

Кивино гнездо: Фильмы нашего разума Автор: Киви Берд

Кафедра Ваннаха: Планшет и десктоп Автор: Ваннах Михаил

Дмитрий Шабанов: Добиологический отбор Автор: Дмитрий Шабанов

Василий Щепетнёв: За лёгким хлебом – 2 Автор: Василий Щепетнев

Кафедра Ваннаха: Пираты в Берлине Автор: Ваннах Михаил

Александр Амзин: Об искусстве запобывания Автор: Александр Амзин

Василий Щепетнёв: За лёгким хлебом – 3 Автор: Василий Щепетнев

Дмитрий Вибе: С неба звёздочка упала Автор: Дмитрий Вибе

Голубятня-Онлайн

Голубятня: Дорога дьявола ведет к колибри Автор: Сергей Голубицкий

Голубятня: Оксфорд Парагон Автор: Сергей Голубицкий

---

Несколько дополнительных замечаний. Некоторые из особенностей репликаторов могут влиять на их воспроизводство, но не передаваться их копиям. На этом уровне анализа их можно рассматривать как шум.

Насколько далеко может зайти эволюция, зависит от изменчивости репликаторов. Если бы она была ограничена начальным разнообразием, процесс остановился бы, когда остались бы самые адаптивные из исходных форм. Зато если изменения могут возникать в ходе воспроизводства, перед эволюцией репликаторов открываются замечательные перспективы. Помните, что я писал о многократном отборе с накоплением полученного в его результате опыта?

Конечно, перспективы эволюции могут быть ограничены различными препятствиями к размножению репликаторов. Воспроизводство требует ресурсов; ресурсы не могут быть бесконечными. Наилучшие перспективы эволюция репликаторов имеет в том случае, если некоторые из них разрушаются, а использованные на их построение ресурсы становятся доступными для других репликаторов. Раз так, то успех воспроизводства репликаторов должен складываться из двух слагаемых: их сохранения и их репликации. Отбор можно рассматривать как дифференциальное выживание и дифференциальное размножение. Впрочем, можно учитывать только размножение, исходя из того, что тот, кто не выжил, тот и не размножился.

Хватит теории. Посмотрим, как это работает. Вначале обсудим искусственную молекулярную селекцию.

В 1981 году Томас Чек (Thomas Cech) при исследованиях инфузории тетрагимены открыл рибозимы – молекулы РНК с каталитической активностью. Раньше считали, что биологическими катализаторами являются только ферменты (энзимы) – белки.

Рибозимы можно использовать в различных технологических целях. Зная последовательность необходимого нам рибозима, его можно синтезировать нуклеотид за нуклеотидом (вы ведь помните, что нуклеиновые кислоты, в том числе РНК, – это полимеры нуклеотидов?). Затем эту последовательность можно размножить с помощью ПЦР (полимеразной цепной реакции). Нужный рибозим помещают в ПЦР-амплификатор (умножитель): реактор, содержащий нуклеотиды и ферменты, которые синтезируют по цепочке РНК соответствующую ей вторую цепочку. В ПЦР-амплификаторе повышают температуру, и цепочки отделяются друг от друга. Снижают температуру, выжидают. На обеих цепочках строится ещё две. Повышают. В реакторе уже четыре цепочки. Снижают, выжидают, повышают: восемь. Снижают, выжидают, повышают: шестнадцать...

Но как найти последовательность рибозима, который нужен для какой-то технологической цели? В живой природе его, скорее всего, нет. Рассчитать, каким должен быть этот полимер, чтобы после сворачивания он образовал пространственную структуру из атомов и зарядов, которая будет взаимодействовать с нужным веществом, — сложнейшая задача. Проще поручить её выполнение отбору.

Закрепляем на поверхности молекулы-мишени. Пропускаем мимо них случайную смесь олигонуклеотидов (недлинных фрагментов) РНК. Те молекулы РНК, которые способны связываться с мишенями, задержатся на них, а прочие – будут унесены. Изменим условия, чтобы смыть связавшиеся молекулы. Синтезируем в ПЦР-амплификаторе их копии (с определённой долей ошибок). Опять прогоним получившуюся смесь мимо мишеней. В конце концов можно прочесть последовательности, которые получились, и работать уже с ними.

Принцип молекулярной селекции РНК-последовательностей, связывающих определённую мишень (В. Власов, А. Власов. 2004)

Вероятно, «доводка» результата, чтобы он соответствовал технологической задаче, всё равно останется необходимой, но она будет основываться на последовательности, которая создалась «сама собой», «на основе случайности».

Дарвиновскую эволюцию пытаются объявить невозможной, поскольку она базируется на случайности. Как вы считаете, случайно или закономерно в ходе описанной процедуры получается последовательность РНК, соответствующая молекуле-мишени? Конечно, закономерно, ведь закономерность вполне может основываться на случайностях! Важно, чтобы одновременно действовали размножение, изменчивость, наследственность и отбор.

Но описанные процессы происходят в условиях, контролируемых человеком. Нам скажут, что они требуют управления со стороны творца. А вот в условиях ранней Земли...

В условиях ранней Земли должны были происходить подобные процессы.

Планеты формируются при образовании звёздных систем. Большая часть вещества таких систем концентрируется в звёздах, где в результате гравитационного сжатия запускаются термоядерные процессы. Энергия звёзд излучается в космос, нагревая планеты. Так, в случае Солнца и Земли температура видимой поверхности звезды примерно равна 6000°К (внутри намного горячее!), поверхности планеты – порядка 300°К, а температура открытого космоса ненамного выше абсолютного ноля – около 4°К. Планета находится в потоке энергии звезды, поглощает и переизлучает его.

Вероятно, ситуация, при которой у звезды есть несколько планет, является вполне типичной. На тех, что ближе к звезде, будет жарко, на далеких – холодно, но некоторые окажутся в том диапазоне температур, где будут образовываться разнообразные органические вещества.

Планеты находятся в потоках энергии, идущих от звёзд. Из-за вращения планет интенсивность потока и температура на них могут периодически колебаться

Органика часто образуется в результате обратимых реакций. Равновесие между синтезом и распадом сложных веществ зависит от условий среды, в частности – от температуры. Смена дня и ночи, зимы и лета будет порождать колебания состояния химического равновесия. Планета ведёт себя как ПЦР-амплификатор: то повышает, то снижает температуру!

В синтезе, а потом в разрушении сложной органики могут принимать участие конкурирующие автокаталитические реакции. Речь идёт о реакциях, протекание которых стимулируется их собственными продуктами. Такие реакции – редкость? Нет.

Классический пример таких реакций – реакция Бутлерова, синтез моносахаридов из формальдегида в щелочном растворе с катализаторами. Её открыл в середине XIX века Александр Михайлович Бутлеров, создатель теории строения органических веществ. В XX веке эту реакцию стали изучать с особым интересом, надеясь, что с её помощью можно получать пищу для космонавтов. Увы, кроме тех моносахаридов, которые пытаются получить с её помощью, помещая в реакционную смесь требуемые затравки, получаются и иные, делающие смесь на выходе токсичной. Зато изменчивость продуктов реакции и конкуренция между образующими их процессами делает реакцию Бутлерова замечательным объектом для изучения дарвиновской эволюции автокаталитических реакций!

На поверхности планет идут обратимые реакции, некоторые из которых являются автокаталитическими. Колебания потока энергии приводят к тому, что преимущество получает то синтез, то распад более сложных соединений

То, какие сахара будут «побеждать» в конкуренции за реагенты в реакции Бутлерова, зависит от условий. В цитированной статье, например, сообщается, что при наличии апатитов (фосфорсодержащих пород) в реакции Бутлерова почти селективно получается рибоза – сахар, образующий основу цепочки РНК. В присутствии силикатов (чрезвычайно распространённых кремнийсодержащих пород) состав продуктов реакции Бутлерова стабилизируется, то есть возрастает наследуемость определённого состава продуктов реакции.

Главное, что в этих условиях наблюдается размножение, изменчивость, наследственность и отбор. Есть все основания ожидать преобразования геохимического круговорота в биогеохимический. И – о чудо! – биогенный круговорот оказывается организованным практически так же.

В современном мире можно увидеть удивительное совпадение. Существуют две группы организмов, соответствующие друг другу, как две половинки разбитой тарелки: отходы одной группы являются ресурсами для другой! И поддерживает их существование тот же поток энергии, который их и создал.

С этой точки зрения вопрос, кто появился первым — гетеротрофы или автотрофы, лишён смысла. Жизнь возникала в виде экосистем, где реализовался круговорот веществ, и синтез органики, и её распад.

Так, допустимый объём колонки исчерпан... Как только что-то начинаешь объяснять подробнее, место для текста и время для объяснений утекают, как сухой песок сквозь неплотно сжатые пальцы. Уважаемые читатели, захотите – расскажу о возможных переходных этапах между миром автокаталитических реакций и миром жизни в следующий раз.