Сэмюел Стернберг - Трещина в мироздании

• Название: Трещина в мироздании
• Автор: Сэмюел Стернберг
• Жанр: Биология
• Год: 2019
• ISBN: 978-5-17-109309-9

Дженнифер Даудна – одна из ведущих современных генетиков, под ее руководством была разработана технология редактирования генома CRISPR – самый дешевый, но при этом самый точный и мощный способ манипуляций с ДНК. Но довольно быстро стало понятно, что этот метод, позволяющий прицельно изменять ДНК живого организма, – очень рискованная технология, которую уже называют “самым опасным изобретением со времен атомной бомбы”. Генетические манипуляции – это настоящая “трещина в мироздании”, из которой могут вырваться темные силы, способные уничтожить человечество…

---

35

P. Rouet, F. Smih, and M. Jasin, “Introduction of Double-Strand Breaks into the Genome of Mouse Cells by Expression of a Rare-Cutting Endonuclease”, Molecular and Cellular Biology 14 (1994): 8096–8106.

36

Y. G. Kim, J. Cha, and S. Chandrasegaran, “Hybrid Restriction Enzymes: Zinc Finger Fusions to Fok I Cleavage Domain”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 93 (1996): 1156–1160.

37

M. Bibikova et al., “Stimulation of Homologous Recombination Through Targeted Cleavage by Chimeric Nucleases”, Molecular and Cellular Biology 21 (2001): 289–297.

38

M. Bibikova et al., “Targeted Chromosomal Cleavage and Mutagenesis in Drosophila Using Zinc-Finger Nucleases”, Genetics 161 (2002): 1169–1175.

39

M. H. Porteus and D. Baltimore, “Chimeric Nucleases Stimulate Gene Targeting in Human Cells”, Science 300 (2003): 763.

40

F. D. Urnov et al., “Highly Efficient Endogenous Human Gene Correction Using Designed Zinc-Finger Nucleases”, Nature 435 (2005): 646–651.

41

S. Chandrasegaran and D. Carroll, “Origins of Programmable Nucleases for Genome Engineering”, Journal of Molecular Biology 428 (2016): 963–989.

42

Если точнее, премию Чеку дали за обнаружение автокаталитических свойств рибозимов – то есть не только их способности к сплайсингу (сшиванию фрагментов) самих себя, но и их способности к разрезанию самих себя.

43

Crisper – выдвижной контейнер в холодильнике для хранения фруктов и овощей.

44

В оригинале – senile felines.

45

G. W. Tyson and J. F. Banfield, “Rapidly Evolving CRISPRs Implicated in Acquired Resistance of Microorganisms to Viruses”, Environmental Microbiology 10 (2008): 200–207.

46

F. J. Mojica et al., “Biological Significance of a Family of Regularly Spaced Repeats in the Genomes of Archaea, Bacteria and Mitochondria”, Molecular Microbiology 36 (2000): 244–246.

47

F. J. Mojica et al., “Intervening Sequences of Regularly Spaced Prokaryotic Repeats Derive from Foreign Genetic Elements”, Journal of Molecular Evolution 60 (2005): 174–182; C. Pourcel, G. Salvignol, and G. Vergnaud, “CRISPR Elements in Yersinia pestis Acquire New Repeats by Preferential Uptake of Bacteriophage DNA, and Provide Additional Tools for Evolutionary Studies”, Microbiology 151 (2005): 653–663; A. Bolotin et al., “Clustered Regularly Interspaced Short Palindrome Repeats (CRISPRs) Have Spacers of Extrachromosomal Origin”, Microbiology 151 (2005): 251–261.

48

A. F. Andersson and J. F. Banfield, “Virus Population Dynamics and Acquired Virus Resistance in Natural Microbial Communities”, Science 320 (2008): 1047–1050.

49

K. S. Makarova et al., “A Putative RNA-Interference-Based Immune System in Prokaryotes: Computational Analysis of the Predicted Enzymatic Machinery, Functional Analogies with Eukaryotic RNAi, and Hypothetical Mechanisms of Action”, Biology Direct 1 (2006): 7.

50

D. H. Duckworth, “Who Discovered Bacteriophage?”, Bacteriological Reviews 40 (1976): 793–802.

51

Институт бактериофагов в Тбилиси основал Георгий Григорьевич Элиава в 1923 году. Д’Эрелль приехал туда значительно позже – в 1934-м. Тем не менее в 1923-м двое ученых уже были знакомы.

52

C. Zimmer, A Planet of Viruses. Chicago: University of Chicago Press, 2011. Книга переведена на русский: Карл Циммер. Планета вирусов / Пер. А. Рангулова. Ростов-на-Дону: Феникс, 2012.

53

G. Naik, “To Fight Growing Threat from Germs, Scientists Try Old-fashioned Killer”, Wall Street Journal, January 22, 2016.

54

G. P. C. Salmond and P. C. Fineran, “A Century of the Phage: Past, Present and Future”, Nature Reviews Microbiology 13 (2015): 777–786.

55

F. Rohwer et al., Life in Our Phage World (San Diego: Wholon, 2014).

56

Даудна, вероятнее всего, описывает строение фага лямбда, геном которого представлен молекулой ДНК. Однако бактериофаги вместо ДНК могут содержать и РНК, что в тексте не указано.

57

S. J. Labrie, J. E. Samson, and S. Moineau, “Bacteriophage Resistance Mechanisms”, Nature Reviews Microbiology 8 (2010): 317–327.

58

R. Jansen et al., “Identification of Genes That Are Associated with DNA Repeats in Prokaryotes”, Molecular Microbiology 43 (2002): 1565–1575.

59

Y. Ishino et al., “Nucleotide Sequence of the Iap Gene, Responsible for Alkaline Phosphatase Isozyme Conversion in Escherichia coli, and Identification of the Gene Product”, Journal of Bacteriology 169 (1987): 5429–5433.

60

R. Barrangou et al., “CRISPR Provides Acquired Resistance Against Viruses in Prokaryotes”, Science 315 (2007): 1709–1712.

61

A. Bolotin et al., “Complete Sequence and Comparative Genome Analysis of the Dairy Bacterium Streptococcus thermophilus”, Nature Biotechnology 22 (2004): 1554–1558.

62

M. B. MarcÓ, S. Moineau, and A. Quiberoni, “Bacteriophages and Dairy Fermentations”, Bacteriophage 2 (2012): 149–158.

63

S. J. J. Brouns et al., “Small CRISPR RNAs Guide Antiviral Defense in Prokaryotes”, Science 321 (2008): 960–964.

64

T.-H. Tang et al., “Identification of Novel Non-Coding RNAs as Potential Antisense Regulators in the Archaeon Sulfolobus solfataricus”, Molecular Microbiology 55 (2005): 469–481.

65

Но это происходит гораздо реже, чем в случае ДНК, из-за разницы в сахарах. В каждом нуклеотиде РНК содержится сахар рибоза, и у нее по сравнению с дезоксирибозой ДНК один атом кислорода “лишний”. Именно он затрудняет образование двойных спиралей РНК.

66

L. A. Marraffini and E. J. Sontheimer, “CRISPR Interference Limits Horizontal Gene Transfer in Staphylococci by Targeting DNA”, Science 322 (2008): 1843–1845.